西罗莫司仿制药在有效预防器官排斥的同时，也可能引起一些不良反应。常见副作用(发生率>10%)包括：淋巴囊肿、外周性水肿、腹痛、腹泻、低钾血症、乳酸脱氢酶升高、痤疮、尿路感染等。在较高剂量时，还可能出现贫血、高胆固醇血症、血小板减少症、高甘油三酯血症(高脂血症)。

其他可能出现的副作用包括口腔溃疡、恶心、头痛、感染风险增加等。严重但较少见的不良反应有肺部疾病(间质性肺炎)、肝功能异常、伤口愈合不良、后部可逆性脑病综合征等。患者用药期间如出现异常症状，应及时告知医生。

禁忌人群包括：对西罗莫司或其任何成分过敏者、孕妇及哺乳期妇女。肝功能损害患者、活动性感染者应慎用或在医生严密监测下使用。

药物相互作用方面，西罗莫司是CYP3A4和P-糖蛋白的作用底物。酮康唑等抗真菌药、地尔硫卓等钙通道阻滞剂可提高西罗莫司血药浓度;利福平等药物可降低其浓度。圣约翰草(贯叶金丝桃)会降低西罗莫司疗效，应避免合用。患者就医时应将正在使用的所有药物告知医生，避免不良相互作用。