艾曲波帕在带来疗效的同时也可能伴随一定的不良反应，了解这些风险有助于患者科学应对。最常见的不良反应(发生率≥10%)包括：头痛、贫血、食欲减退、失眠、咳嗽、恶心、腹泻、脱发、瘙痒、肌痛、发热、乏力等。常见不良反应(发生率1%-10%)还包括感觉异常、干眼、白内障、肝功能异常、皮疹、月经过多等。

肝毒性是艾曲波帕最需要关注的严重不良反应之一。

药品说明书明确警告：本品可能增加出现严重及潜在威胁生命的肝毒性的风险。主要表现为血清ALT、AST及间接胆红素升高，亚洲人种多见，大多为轻度、可逆，停药后可恢复。开始治疗前应测定肝功能，剂量调整期间每2周监测一次，稳定后每月一次。

血栓形成/血栓栓塞是另一严重不良反应。其他需关注的包括白内障风险(发生率约5%)及骨髓纤维化等。患者如出现黄疸、深色尿、右上腹痛、异常出血或血栓症状(肢体肿胀、胸痛等)，应立即就医。多数副作用在用药初期出现，随用药时间延长或对症处理后逐渐减轻。